地卫所争夺对军队的控制权力，但是除了新成立的新军之外，对旧有军队的管理权力一直进展缓慢。
特别是对江南地区的军事力量，总参谋部下达的改制整顿命令往往被当地卫所将领阴奉阳违，又或是被南京的勋贵所阻扰。
即便是鹿善继等人在南京设立了军校，但是缺乏了皇帝在当地的震慑，南京城内的勋贵们依旧把持着本地的军队和卫所，使得总参谋部的影响力无法在当地得到任何回应。
如果有了这么一支从北方调去的军队，那么起码也算是在江南地区插入了一根钉子，让南京军校培养出来的军官们，不至于被那些南京勋贵、卫所将领所排挤。
茅元仪刚刚答应了一声，崇祯又继续说道：“除了京畿都督府名下军队进行整编之外，城内的锦衣卫、皇城的侍卫亲军，总参谋部也拟一份整编计划出来吧。
侍卫亲军就不说了，既然是亲军，将来必然也是要上战场的，就按照作战军队进行整编。至于锦衣卫，现在已经分离出了巡警和治安部队，巡警这块就不必去理会，从治安部队中挑选出一个师的编制，作为京城内城的守御部队，剩下的依旧作为维护京城治安的武装警备力量。”
茅元仪尚未开口，孙承宗已经匆匆对着崇祯说道：“陛下，让总参谋部对侍卫亲军和锦衣卫进行整编，是不是有所不妥？这两只部队一向都是陛下亲领，勋贵佐之，外臣不得干预。总参谋部虽然忠诚于部下，但是干预陛下亲军事务，恐怕有擅权之嫌。”
对于孙承宗的担心，朱由检却没有放在心里，他毫不在意的说道：“总参谋部不过是对这两只部队进行整编及训练，他们的领导权力依然直属于朕，因此不算什么擅权之举。
更何况，现在这两只军队久不上战场，平日除了守卫皇城内外，维护京城治安，缉拿官员及要犯之类的工作，那里还有半分军队的样子。
虽然去年朕让连善祥稍稍整顿了下侍卫亲军的军纪，但终究不是什么练军正途。此次借着京畿都督府整编军队的名义，让两军也彻底整顿一下，朕也能安心一些。否则真要上了战场，朕怎么能指望他们来保卫朕呢…”
当崇祯同孙承宗等人商谈，整编京畿都督府和侍卫亲军、锦衣卫的事宜时，张燮正带着一干军校教官接回了北上试航回来的海军学员们。
70名海军学员，一趟航行便失去了十分之一的成员，这个高额的损耗比例，让张燮的脸色变得异常难看。
张燮在崇祯一副手书的逼迫下，不得不赴京担任海军军官学校的校长。虽然刚开始的时候，他还心存疑虑。但是当他真的可以不受阻扰的按照自己的想法，去教育和培养这些海军学员后，他刚刚赴京时存在的那点疑虑早就抛之脑后了。
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